일본 면적의 73%는 산지로 덮여 있다. 일본에서 가장 높은 산은 해발 3,776m 높이를 자랑하는 후지 산이며, 일본 혼슈의 중앙부에는 '일본의 지붕'으로 불리는 해발 3천 미터가 넘는 높은 산이 모여 있어 '일본 알프스'라고 불리기도 한다. 또한, 일본에는 많은 화산이 있으며 가고시마의 사쿠라지마처럼 지금도 활동 중인 화산도 있다.